В 1916 году Евгений Михайлович окончил Тенишевское
коммерческое училище, в 1918 году поступил в
Военно-медицинскую академию. Обучаясь на 2-м курсе,
увлёкся физиологией и занялся научной работой на
кафедре физиологии под руководством академика И.П.
Павлова и в 1923 году окончил обучение в Академии. В
том же году Е.М. Крепс создал Лабораторию
сравнительной физиологии на Мурманской биологической
станции в поселке Полярное и руководил ею в течение 10
лет.

В 1930 году Е.М. Крепс стажировался в
физиологических лабораториях Англии и Норвегии.
В 1933 году поступил на работу Институт
экспериментальной медицины в отдел
Эволюционной физиологии, возглавляемый
известным физиологом П.А. Орбели. Огромной
заслугой Е.М. Крепса было создание Лаборатории
сравнительной физиологии и биохимии на
Севастопольской биологической станции. С 1931
года по 1951 год Е.М. Крепс совместно с Л.А. Орбели
работал в аварийно-спасательной комиссии
Военно-морского флота, участвовал в разработке
теории и практики глубоководных погружений и
аварийно-спасательных работ.

В 1960 году Е.М. Крепс возглавил Институт эволюционной
физиологии им. И.М. Сеченова АН СССР и одновременно
(в 1967-1975 годах) был академиком-секретарём
отделения физиологии АН СССР. Вёл большую
общественную работу: он неоднократно избирался
председателем Ленинградского научного Общества
биохимиков, был одним из создателей и главным
редактором «Журнала эволюционной биохимии и
физиологии». Руководил Отделением физиологии АН СССР.